逆合成预测:AI 辅助的化学反应路线设计
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2026-06-26
bash pip install rdkit-pypi tqdm
以 **AiZynthFinder** 为例(基于模板+ MCTS):
```bash
git clone https://github.com/MolecularAI/aizynthfinder.git
cd aizynthfinder
pip install -e .
# 下载预训练数据(模板库、价值网络等)
python -m aizynthfinder.tools.download_public_data
5.2 单步预测快速体验
某些平台提供在线接口,但本地执行更灵活。以开源模型 LocalRetro(无模板,GNN)为例:
# 假设已安装 localretro
from localretro import RetroModel
model = RetroModel.from_pretrained()
results = model.predict('Cc1ccc(cc1)C(=O)OC')
for r in results[:5]:
print(r['reactants_smiles'], r['score'])
5.3 多步路线搜索:使用 AiZynthFinder
编写脚本 search.py:
from aizynthfinder.aizynthfinder import AiZynthFinder
finder = AiZynthFinder(configfile='config.yaml')
finder.stock.select("zinc") # 原料库
finder.target_smiles = 'CN1CCC[C@H]1c2cccnc2' # 尼古丁类似物
finder.config.search.time_limit = 120 # 搜索时间限制秒
finder.tree_search()
finder.build_routes()
# 输出最优路线
for idx, stats in enumerate(finder.routes):
print(f"Route {idx}: steps={stats['steps']}, score={stats['score']}")
for step in stats['route']:
print(step)